1. USM memiliki lambang berbentuk lingkaran dengan tiga garis putus melingkar, warna dasarputih, di dalamnya tertera tulisan Universitas Saintek Muhammadiyah, gambar padi dan kapas dengan simbol Muhammadiyah yang mempunyai arti sebagai berikut:
a) Lingkaran, bermakna kebulatan tekad, semangat, spirit sesuai dengan semangat Islam
rahmatan lil-alamin
b) Tiga garis putus melingkar, merupakan simbol yang menandakan era digital. Tiga garis putus bermakna iman, Islam, dan ihsan atau ilmu, iman dan amal sebagai dasar perjuangan dan pendidikan. Garis putus juga bermakna keterbukaan (inklusif).
c) Warna dasar putih, melambangkan kesucian, bahwa awal perjuangan harus diniati dari
kesucian, ketulusan dan keikhlasan.
d) Padi berwarna kuning dan Kapas berwarna hijau, bermakna memajukan kesejahteraan
dan kemakmuran bangsa, negara, dan kemanusiaan khususnya ummat Islam.
e) Terdapat lambang Muhammadiyah dengan Matahari bersinar utama dua belas, di tengah tertuliskan (dalam huruf Arab) dan lingkaran kalimat syahadat Asyhaduan la illaha illa Allah wa asyhadu anna Muhammadan Rasul Allah (dalam huruf Arab). Lambang Muhammadiyah bermakna membawa misi persyarikatan Muhammadiyah.
f) Di tengah terdapat tulisan berbentuk perisai melambangkan bahwa USM sebagai garda, perisai kehidupan khususnya dalam bidang pendidikan
g) Terdapat tulisan Universitas Saintek Muhammadiyah melingkar sebagai identitas nama universitas, yang disingkat USM
2. Bendera berbentuk segiempat ukuran 90 x 135 cm berwarna biru tua dengan lambang USM.
3. Bendera Fakultas berbentuk segiempat ukuran 90 x 135 cm dengan warna dan tulisanmasing-masing Fakultas diatur tersendiri melalui surat keputusan Rektor.
4. USM memiliki pataka berbentuk sama dengan bentuk Bendera sebagaimana pada pasal 4 ayat (2) dan terbuat dari sulaman atau bordir, di tiap sisi bendera terdapat rumbai (jumbai).