Kebutuhan ketersedian pengelola jurnal nasional yang bereputasi semakin banyak. Terlebih lagi sejak diberlakukannya regulasi kewajiban publikasi bagi mahasiswa sebagai syarat kelulusan. Namun demikian, tidak semua penerbit jurnal dapat mengelola penerbitannya sesuai dengan standar yang telah ditentukan, salah satunya adalah jurnal-junal yang dikelola oleh lembaga penelitian non pemerintahan (NGO). Penelitian ini mengangkat tentang pengembangan jurnal elektronik berbasis Open Journal System (OJS) dengan metode Agile dan Scrum sebagai kerangka kerjanya. Scrum menawarkan pengembangan sistem yang lebih fleksibel dan mampu beradaptasi yang berbasis kolaborasi.  Hasil dari pengembangan ini diuji menggunakan usability systemdengan kuesioner USE (Usefulness, Satisfaction, and Ease of use). Adapun hasilnya, 69,64% respoden menyatakan bahwa sistem pengelolaan jurnal elektronik MAARIF cukup mudah digunakan, cukup mudah dipahami dan cukup mudah dipelajari. 21,42% responden menyatakan sangat mudah digunakan, sangat mudah dipahami dan sangat mudah dipelajari. Hanya 8,9% responden saja yang menyatakan bahwa system pengelolaan jurnal elektronik MAARIF kurang mudah digunakan, kurang mudah dipahami dan kurang mudah dipelajari. Dengan demikian pengembangan jurnal elektronik berbasis OJS versi 3 menggunakan kerangka kerja Scrum dapat diimplementasikan dengan baik menggunakan 3 sprint dengan durasi 34 hari.